清朝对黄帝陵庙的祭祀，仪式隆重，规模宏大，次数较多。除常规之祭外，逢皇帝登基，太后寿辰，国家庆典，平息叛乱，水旱灾害，五谷丰登，大功告成等重大事件，特别是需要团结御敌，或获重大成功需要祭告祖先在天之灵时，也常由皇帝决定祭祀黄帝。清朝对黄帝陵的祭祀，见于记载的有30次：清世祖顺治八年（1651）派专官到黄帝陵进行祭祀；清圣祖康熙元年（1662）敬遣专官到黄陵祭祀；清圣祖康熙七年（1668）遣工部杨运昌祭告黄帝陵；清圣祖康熙二十一年（1682）遣工部右侍郎加一级苏拜致祭于黄帝陵，陪祀官有督理陕西等处地方粮储道副使加四级李国亮、延安府知府毛文、中部县知县金兰芝等；清圣祖康熙二十七年（1688）遣鸿胪寺卿刘楷致祭黄帝陵，陪遣官有延安府知府张伟、州知州胡正著、洛川县知县许廷佑、中部县知县李暄、宜君县谢裁秋、儒学训导阎仕、典史葛珙等；清圣祖康熙三十五年（1696）因岁歉为民祈福，遣都察院协理院事左佥都御史常继圣致祭于黄帝陵；清圣祖康熙四十二年（1703）为康熙帝五旬大寿并亲阅黄淮堤工回銮，派遣大理寺少卿莫音代致祭于黄帝陵，陪祀官有延安知府吴存礼、州知州高怡、洛川县知县萧长祚、宜君县知县卢兆、中部县知县黄觐光、典使孙时铉、儒学训导阎仕等；清康熙四十八年（1709）为皇太子废而复立，遣户部右侍郎加二级张世爵致祭黄帝陵，陪祀官有延安知府加一级孙川等，从祀官州知州高怡、洛川县知县萧长祚、宜君县知县李之、中部县知县祝文彬等；清圣祖康熙五十二年（1713）为康熙帝六旬大寿遣内阁学士兼礼部侍郎蔡升元致祭于黄帝陵，陪祀官为延安知府加二级孙川，从祀官有州知府加一级功加记录二次张云鹤、洛川县知县加一级向兆麟、宜君县知县加一级李良模、中部县知县加一级邰衡等；清圣祖康熙五十八年（1719）遣左春坊左赞善兼翰林院检讨吴孝登致祭黄帝陵，陪祀官有州知州加一级功加记录二次张云鹤、洛川县知县加一级军功记录一次向兆麟、中部县知县加一级杜乔等；清世宗雍正元年（1723）遣通政使司右通政钱以垲致祭黄帝陵；清世宗雍正二年（1724）遣都察院左副都御史江球致祭黄帝陵，陪祀官为整饬榆林中西二路兼分巡道陕西按察使司布政司参议朱曙荪，从祀官有延安府正堂加三级记录二十五次沈廷正、州正堂加一级孙毓诠、署肤施县正堂加一级徐珩等；清世宗雍正十三年（1735）太常寺少卿鲁国华致祭黄帝陵，从祀官有直隶州知州李如沅、中部县知县何任、宜君县知县许克家等；清高宗乾隆二年（1737）为世宗配享圜丘礼成，遣翰林院侍读学士世臣致祭黄帝陵，从祀官有礼部文林郎加一级邢通、直隶州知州加三级李如沅、署直隶州同州府通判加三级商北麟等；清高宗乾隆十四年（1749）遣太常寺少卿钟衡致祭于黄帝陵，陪祭官为分巡凤盐道按察司副使永敏，从祀官有同州府通判署直隶州事赵铨、洛川县知县方楚正、中部县知县杨必名、宜君县知县许治、中部县儒学训导王运会等；清高宗乾隆十七年（1752）为慈宁太后万寿晋号，遣太常寺少卿涂逢震致祭黄帝陵，陪祀官有州直隶知州加三级武敬、洛川县知县老尔昌、署宜君县朱家濂、中部县知县王纲等，从祀官为同州府盐通判加一级赵铨；清高宗乾隆二十年（1755）为荡平准部、太后晋号，遣太常寺卿熊学鹏致祭黄帝陵，陪祭官有候补知府署州知府雷正、州直隶州知州记录十次英德、中部县知县王纲等；清高宗乾隆二十五年（1760）遣都察院左副都御史赫庆致祭黄帝陵，陪祭官有直隶州知州刘麟勋、中部县知县巩敬绪、宜君县知县侯於蓟、中部县儒学训导李凤冈等；清高宗乾隆三十七年（1772）为太后万寿晋号，遣宗人府府丞李友棠致祭黄帝陵，陪祭官有州知州阿林、州分州吴廷试、洛川县知县温崧曾、中部县知县董廷楷、宜君县知县袁维丰、州儒学训导李如坤等；清高宗乾隆四十一年（1776）为阿桂平定大小金川，遣内阁学士唐吉泰致祭黄帝陵，陪祭官有候补直隶州署州加三级记录五次林苹范、洛川县知县加三级记录五次温崧曾、中部县知县加三级记录五次董廷楷、署宜君县知县加三级记录三次任重、中部县儒学训导江自岚等；清高宗乾隆四十五年（1780）为乾隆帝七旬寿诞，遣内阁学士钱载致祭黄帝陵，陪祭官有洛川县知县加三级记录黄辉、中部县知县加五级记录五次董廷楷、中部县儒学训导江自岚等；清高宗乾隆五十年（1785）遣内阁学士胡高望祭告黄帝陵；清高宗乾隆五十五年（1790）遣内阁学士依兰泰祭告黄帝陵；清仁宗嘉庆元年（1796）遣陕西副都统花向阿祭告黄帝陵；清仁宗嘉庆五年（1800）为高宗配享圜丘礼成，遣户部右侍郎周兴岱祭告黄帝陵；清仁宗嘉庆二十四年（1819）为嘉庆帝六十寿诞，遣都察院左副都御史和桂致祭黄帝陵，陪祭官有州直隶州知州鄂山、中部县知县恒亮，执事管右中部县训导朱体元、宜君县马兰镇巡检刘询等；清宣宗道光元年（1821）遣西安副督统哈兴阿致祭黄帝陵，陪祭官为署州直隶州知州硕庆，执事官有中部县训导赵炳、宜君县知县邓培绶、中部县典史韩廷楷等；清宣宗道光十六年（1836）为太后万寿晋号，遣陕西榆绥镇总兵官郭继昌致祭黄帝陵，陪祭官为州直隶州知州吴明捷，执事官有中部县训导张云瑞、中部县典史毛诗、前署中部县典史赵洙等；清宣宗道光二十六年（1846）又为太后万寿晋号，遣西安右翼副都统甘露致祭黄帝陵，陪祭官为署州直隶州知州张其翰、中部县知县郭云章；清宣宗道光三十年（1850）遣西安左翼副都统常春致祭黄帝陵，陪祭官为署州直隶州陈捷魁、中部县知县郭云章，执事官有中部县训导李荣春、洛川县训导路三登、宜君县训导孙震生等。30次中，清世祖顺治在位18年，祭陵1次；清圣祖康熙在位61年，祭陵9次；清世宗雍正在位13 年，祭陵3次；清高宗乾隆在位60年，祭陵10次；清仁宗嘉庆在位25年，祭陵3次；清宣宗道光在位30年，祭陵4次。

    清末帝爱国志士祭祀黄帝陵，具有强烈的时代意义。光绪年间，邱逢甲历尽千辛万苦来到桥山祭扫黄帝陵墓。邱逢甲，字仙根，号沧海。台湾省漳化人，出身望族。光绪十五年进士，兵部主事。甲午战争中国失败，清廷和日本签订了《马关条约》，把台湾割让给日本。丘逢甲刺破手指写出血书：“拒倭守土”四个大字，召集士绅联名据理力争，并率领“八千弟子”奋起抗日，“倾家财以为兵饷，不足则乞诸义士以助之”。号召青壮年，晓以民族大义，“人自为战，家自为守”，与侵略者浴血奋战二十多昼夜，终因孤军作战、弹尽粮绝而失败。失败后，他漫游各地，到陕西后，在友人的提示下，专程到中部县祭扫黄帝陵，寄托爱国情怀。1908年重阳节，陕西同盟会祭扫黄帝陵，在先祖陵前宣读祭文，决心复兴中华民族。这次祭祀的祭文由郭希仁和张赞元起草，参加祭祀的有陕西十六人，四川七人，甘肃、山西各三人，广东一人，共二十多人。并决定每年农历二月二日祭陵一次，祭扫时必须有“告墓文”，后改称“誓墓文”。